La semilla en las bodegas de las casas comercializadoras está almacenada según los requerimientos de cada especie: algunas semillas se guardan de 4º a 6º C,  otras a temperatura ambiente de 14º a 16º C; con rangos de contenidos de humedad de 4% a 8 %, o rangos de 15% a 40 % para aquellas semillas que no se pueden secar (semillas  recalcitrantes). Estas últimas se empacan dentro de aserrín húmedo o cascarilla de arroz u otro medio que retenga la humedad, permita la respiración de la misma y en lo posible estén libres de hongos patógenos e insectos plagas.

Es por ello, que para las semillas recalcitrantes, se recomienda hacer la siembra  en forma inmediata para evitar que pierdan su capacidad germinativa o se contaminen con hongos o bacterias patógenas o sean atacadas por insectos nocivos.

El tiempo de almacenaje de la semilla recalcitrante por parte del comprador debe ser muy corto, de 2 a 4 días y el cuarto de almacenaje o bodega debe estar bien aireada y  a temperatura moderada (por debajo de los 30 ºC), o si es posible mantener refrigerada la semilla, no colocarla cerca de herbicidas u otras sustancias corrosivas, debe mantenerse libre de insectos y roedores y los empaques deben permanecer cerrados tal como salieron del almacén.
Los lotes de semilla no se deben colocar directamente sobre el piso del vehículo o embarcación, donde la temperatura sea alta (más del 35º o 40ºC), no se debe cerrar el vehículo donde se transporta,  herméticamente y dejarlo a los rayos directos del sol, especialmente en los climas cálidos donde las temperaturas diurnas son bastante altas (Triviño y Espinosa, 2003).