La tierra empleada para construir los germinadores, eras de trasplante o para llenar bolsas debe estar libre de semillas de malezas, bulbos o rizomas de pastos y otras hierbas competidoras del cultivo, larvas de insectos, caracoles o babosas, cuerpos fructíferos de hongos patógenos o nemátodos fitopatógenos.

Algunas de las medidas mas usuales se refieren a: paso de la tierra por una zaranda o malla de alambre para retener partículas grandes de vegetales, insectos y otros organismos que puedan afectar las plántulas; desinfección del suelo y remoción con el fin de exponer a los organismos (fotófobos) a la acción de los rayos directos del sol.

Desinfección del los germinadores, eras o sustrato para llenar bolsas

Existen varios métodos de desinfección del sustrato destinado a llenar a los germinadores o bolsas o aplicar directamente sobre el germinador ya construido:

1. Solarización: es un método físico hidrotérmico en el cual se prepara el sustrato, se dispone en eras o camas de máximo 20cm de altura y de 1 a 1.2m de ancho por el largo deseado. Se humedece el suelo hasta que se sature y luego se cubre con un plástico negro o transparente calibre 4, se deja expuesto al sol durante 15 a 45 días. Las variaciones de calor generado debajo del plástico causan la muerte a los organismos patógenos. Este tratamiento para hacerse más efectivo puede combinarse con productos biológicos como el extracto de ruda (Rutinal) en dosis de 10 cc/l y aplicar de 5 a 10 litros de esta solución por metro cuadrado y luego tapar con el plástico.
2. Productos biológicos: actualmente se encuentran en el mercado varios productos que pueden ser usados individualmente o mezclados para controlar los organismos patógenos de suelo:
   1. Fitotripen: es una mezcla de varios hongos antagonistas Trichoderma (harzianum, koningii y viridae) los cuales han demostrado ser efectivos para el control preventivo de varios patógenos del suelo como: Fusarium, Rhizoctonia, Pythium. Sclerotinia y otros causantes del damping off se aplica en dosis de 1 a 2 g/l, se recomienda remojar el hongo previamente durante 12 horas para lograr una mayor eficiencia. (Agrobiológicos Safer 2004).
   2. Rutinal: (extracto de ruda Ruta graveolens) se emplea para el control de nemátodos y como desinfectante natural de suelos, contiene sustancias alelopáticas, se utiliza en dosis de 5-10 cc/l.
   3. Botrycid: es mezcla de cepas de Burkholderia sp no fitopatógenas, que se han encontrado compitiendo y controlando a otras bacterias, hongos y nematodos, es compatible con Trichoderma, controla hongos como Rhizoctonia y Fusarium, es muy eficiente controlando bacterias como: Erwinia, Xanthomonas, agrobacterium y Pseudomonas se aplica en dosis de 1 a 2 cc/l).
   4. Anisafer: es un producto con base en el Metarhizium anisoplie y Bacillus popillae los cuales se han reportado atacando especies de insectos pertenecientes a 12 familias, sirve para el control de chizas, gusanos tierreros, picudos, chinches y hormiga arriera, la penetración del hongo al insecto se hace por contacto o por vía oral. Se usa en dosis de 0.5 a 2 gr/l, se aplica al follaje o al suelo.
3. Vapor de agua caliente: es usado en lugares donde se dispone de calderas que generan el vapor. El sustrato se cubre con un plástico negro para mantener el calor y aumentarlo por la exposición a los rayos directos del sol. Tiene el inconveniente que es costoso si no se tiene una caldera disponible y algunos patógenos son resistentes a este tratamiento por lo que es usado solo en cultivos intensivos como en flores.
4. Productos químicos: como Othocide, Basamid o Benlate según la dosis recomendada, tapar con plástico durante 4 – 6 días y dejar airear durante 8 días, antes de sembrar la semilla. También se usa Goal en dosis de 2 o 3 cc/l de agua. Este último producto, tiene efecto de herbicida preemergente, es decir mata las semillas de malezas antes que germinen. El bromuro de metilo actúa como desinfectante del suelo aplicando 1 lb/m3 de tierra, cubrir bien con un plástico para evitar la fuga del gas y dejar cubierto por 24 a 48 horas, descubrir y dejar airear por 24 a 48 horas antes de sembrarse la semilla.
5. Aplicar formol comercial, en dosis de 1 parte de formol por 5 o 6 partes de agua. Tapar con plástico durante 2 – 3 días y dejar airear durante 2 – 4 días, el sustrato no debe usarse hasta que desaparezca el olor característico a formol.